За периоды исследований 1964 -2015 гг. научными сотрудниками филиала осуществляется экологический мониторинг в р. Урал, р.Кигач и Каспийском море с целью системного изучения гидрологии, гидрохимии, токсикологии, кормовой базы рыб, питания рыб, ихтиофауны, а также разработки практических мер и рекомендаций по снижению отрицательных последствий хозяйственной деятельности человека. Во все годы и до настоящего времени особое внимание уделялось сохранению осетровых рыб. Ежегодно проводятся наблюдения за распределением и формированием численности осетровых и полупроходных видов рыб, их видовой структурой, условиями нагула. Определяется динамика нерестового хода производителей промысловых рыб в р. Урал, оценивается эффективность естественного воспроизводства осетровых и полупроходных рыб.