Учеными Филиала ежегодно проводится комплексные научные исследования в главных рыбопромысловых водоемах Восточно-Казахстанской и Павлодарской областей. В связи с рыночными отношениями появились условия для развития предпринимательской деятельности, оказания информационных, консалтинговых и аналитических услуг заинтересованным юридическим и физическим лицам. Качество нашей интеллектуальной продукции гарантируется специализированным статусом рыбохозяйственной науки, высокой профессиональной квалификацией исполнителей, достаточно обеспеченной материально-технической базой для проведения и анализа исследований. В штате филиала имеются научные сотрудники, специализирующиеся по гидрохимии, гидробиологии, ихтиологии, рыбоводству, научным основам регулирования природопользования, основную часть сотрудников составляют молодые кадры.