Аральский филиал ТОО «НПЦ РХ» осуществляет постоянный мониторинг состояния экосистем водоемов Кызылординской и Южно-Казахстанской областей, разрабатывает биологические основы рационального использования и воспроизводства рыбных запасов, дает ежегодные прогнозы объемов вылова рыбы, предложения по правилам и режиму рыболовства. Ежегодно на основании научно-обоснованных данных филиала, выходит Постановление Правительства по лимитам вылова рыбы из водоемов Кызылординской области Арало-Сырдарьинского бассейна. Накоплен многолетний банк данных по гидрологии, гидробиологии, гидрохимии и составе ихтиофауны изучаемых водоемов. В составе филиала имеются комплексная рыбохозяйственная лаборатория и лаборатория гидробиологии и гидрохимии.
• Мониторинг экологического состояния водоемов Кызылординской и Южно-Казахстанской областей. Изучение феногенетической структуры популяций основных промысловых видов рыб в водоемах Кызылординской и Южно-Казахстанской областей
• Совершенствование биотехнологий разведения ценных видов рыб в водоемах Казахстана.
• Создание научных основ применения предосторожного подхода в регулировании рыболовства на водоемах Казахстана.
• Обоснование создания и развития сети особо охраняемых природных территорий для сохранения биоразнообразия рыб.
• Внедрение достижений рыбохозяйственной науки в производство.
• Прохождение учебно-научно-производственной практики для студентов Западно-Казахстанского аграрно-технического университета имени Жангир хана по специальности «Рыбное хозяйство».
• Проведение фундаментальных и прикладных научных исследований,
направленных на ускорение научно-технического прогресса в рыбном хозяйстве.
• Проведение бонитировки водоемов с целью их рыбохозяйственного использования.
• Определение ущерба, наносимого рыбному хозяйству от антропогенного воздействия.
• Разработка рекомендаций и биологических обоснований по зарыблению водоемов региона и акклиматизации промысловых видов рыб и кормовых организмов.
• Работы по экологическому проектированию и нормированию.
• Разработка биологических обоснований общего допустимого улова рыб (ОДУ).
• Разработка рекомендаций по рыбохозяйственному устройству промысловых участков природопользователей.
• Проведение мониторинговых исследований состояния низших гидробионтов –беспозвоночных животных, в разнотипных водоемах.
• Оценка состояния кормовых ресурсов водоемов.
• Экспертная оценка состояния сообществ низших гидробионтов водоемов по литературным и архивным материалам.
• Оценка загрязнения водоемов органическими веществами по состоянию низших гидробионтов – индикаторов сапробности водной толщи и грунтов.
• Разработка биологических обоснований прогноза и лимита добычи цист артемии, а также других ценных водных беспозвоночных.
• Рецензирование биологических обоснований, научных разработок и проектов по разнотипным водоемам с присутствием гидробиологической направленности.
• Методическая помощь, консультации по вопросам гидробиологии.
• Разработка проектов по определению норм предельно-допустимых сбросов (ПДС) для предприятий воспроизводства и переработки рыбной отрасли.
• Проведение диагностических и лечебно-оздоровительных работ в рыбоводных хозяйствах.
• Научное обоснование при экологической паспортизации водоёмов.
• Разработка технико-экономических обоснований для развития рыбного хозяйства и организации особо охраняемых природных территорий.
• Комплексное научно-методическое сопровождение и практическая поддержка при организации товарного рыбоводства: разработка биологического обоснования на организацию и ведение товарного рыбоводства, с определением оптимальных направлений и технологий аквакультуры.
• Содействие в составлении бизнес-плана для рыбоводных предприятий и фермерских хозяйств.
• Оказание консультативных услуг по биотехнике товарного выращивания ценных промысловых видов рыб.
• Консультации и участие специалистов по искусственному воспроизводству судака (карпообразных) и растительноядных рыб.
• Проектировочные работы по созданию фермерских рыбоводных хозяйств.
• Научное обеспечение инновационных технологий и внедрение разработок в производство на договорной основе.
• Проведение конференции, семинаров, совещания, дискуссии по наиболее важным научным проблемам сохранения биоразнобразия на водоемах Арало-Сырдаринского бассейна рыбного хозяйства.