НПЦ РХ осуществляет международное сотрудничество с ведущими научными учреждениями дальнего и ближнего зарубежья по вопросам экологии водной среды, сохранения биоразнообразия ценных, редких и исчезающих видов рыб, популяционно-генетическим исследованиям ихтиоценозов, аквакультуре и т.п. (Россия, Азербайджан, Великобритания, Китай, Иран, Израиль и др.) Ведется работа с международными организациями и программами:

• Продовольственная и сельскохозяйственная организация Объединенных наций (ФАО)
• Мировое сообщество по сохранению осетровых видов рыб «WordSturgeonC onservationSocicty» (WSCS) и др.
• Программа развития Организации Объединенных наций в РК (ПРООН)
•  Всемирный фонд дикой природы (WWF «WordWildFoud»), участие в Комиссии по водным биоресурсам Каспийского моря.
•  Международный фонд спасения Арала (МФСА) ³ Консорциум «NorthCaspianOperatingCompany» (NCOC) НПЦ РХ является научной организацией по вопросам рыбы и других водных животных (CITES, СИТЕС: «Конвенция о международной торговле видами дикой фауны и флоры, находящимися под угрозой исчезновения»)