БШҒӨО 90 жылдан бері үнемі Қазақстан су айдындарының экологиялық жүйесі мен биоресурстарына тұрақты мониторинг жасап, балық қорын ұдайы өсіріп, оны тиімді пайдалану үшін биологиялық негіздеме беріп, балық аулау тәртібі мен ережесіне ұсыныстар жасап, жыл сайын ауланатын балық көлеміне болжам беруде. Жыл сайын БШҒЗИ беретін ғылыми-негіздемелік мәліметтер негізінде Қазақстан су айдындарында ауланатын балық мөлшерін анықтайтын Үкімет қаулысы шығады. Су айдындарының экожүйесіне антропогенді әсер ету салдарынан туындайтын гидрологиялық, гидробиологиялық, ихтиологиялық, гидрохимиялық және токсикологиялық көрсеткіштер бойынша көпжылдық мәліметтер банкі жасалған. ҚазБШҒЗИ ғалымдары гидроқұрылымдарды салу кезінде балық қорына келтірілетін зиянды анықтайтын балық аруашылығының стратегиясын жасап, оны кейін компенсациялау үшін қажет бірқатар балық өсіру-мелиоративті іс-шараларды қарастырған, өндіріспен бірге көл-тауарлы балығын өсіру жұмыстары жүргізілген. Қазақстан Республикасының Барлық тұзды су айдындарындағы құнды биологиялық организм – артемия шаяны мен оның циста қабықтарының қоры анықталып бағаланды. Индустриалды балық өсіру енгізілген: энергетикалық және жылу станцияларының жылы суларын пайдалану негізінде балықты өсіру және көбейту технологиялары жасалған. Жаңа генетикалық әдістерді химиялық мутагенез бен радиациялық гиногенезді) пайдалану арқылы жоғары өнімді тұқы және ақ дөңмаңдай тұқымдары шығарылды. Балық өсіруші ғалымдар мен балық өсіру шаруашылықтарын орнықтырудың басты схемасы мен өсіру биотехнологиясы және Қазақстанның нақты аймақтарына сай нормативті негіздемелер жасалды. Поликультурада арзан аралас жемді пайдалану арқылы өсірудің ресурс үнемдеу технологиясы жасалған. Тоғандар мен уылдырық шаштырып өсіретін шаруашылықтарда балық ауруларын емдеу мен оның алдын алуы бойынша зерттеу жұмысары жасалып, нәтижесінде машиналар мен балық аулаудағы ауыр механизациялық процестерді әлдеқайда оңайлататын жеңіл әрі тиімді жаңа тәсілдермен балық аулау құралдары ұсынылған. Өндіріске отандық жемдік ұн жасауға арналған көлденең вакуумды қазандар мен майшабақты консервілейтін прогрестік технология енгізілді. Өндіріске түрлі құнсыз балықтардан балық консервілерін, шұжық, салқын ыспен ысталған өнімдерді және балық қабыршағынан желімдерді жасаудың әртүрлі әдістері мен бірқатар технологиялары ұсынылған. Экономикалық зерттеулер балық өндірісіндегі ұйымдардың шаруашылық іс-әрекеттеріне сипаттама жасай отырып, олардың экономикалық тиімділікті арттыру мен еңбекті ұйымдастыру жағдайларын жақсартуды негізгі мақсат етіп отыр.2001 жылдан бері трансшекаралық су алаптарындағы су биоресурстарын бағалау үшін кешенді жан-жақты экологиялық зерттеулер жүргізілуде. ҚазБШҒЗИ Каспий төңірегіндегі мемлекеттерді өзге де ғылыми ұйымдармен бірге Каспий төңірегіндегі балық қорын зерттеуге негізделген мемлекетаралық зерттеу жұмыстарын жүргізеді. Зерттеу нәтижелері жалпы аулауға болатын мөлшерді анықтау кезінде, бекіре балығымен басқа да кәсіптік мәні бар балықтардың аулану мөлшерін анықтауда мемлекетаралық су биоресурстар Комиссиясының жұмысы барысында квота бөлу кезінде пайдаланылады. Бұрынғы жасалып келе жатқан зерттеу жұмыстары мен Каспий аймағындағы мемлекеттердің ғылыми-зерттеу ұйымдарымен біріге отырып жасаған зерттеулері негізге алынып, бекіре балық түрлерінің санын анықтау әдістемесі жасалды және Каспий теңізінің биоресрстарын сақтап, тұрақты пайдалануға негізделген рационалды бағдарлама жасалды.Қазіргі уақытта ҒЗЖ келесі бюджетті бағдарламалар бойынша жүргізілуде.- «Қазақстан Республикасының халықаралық және республикалық маңызы бар суқоймаларының гидробионттары мен басқа су ресурстарын сақтау және қалпына келтіру бойынша балық шаруашылығы саласындағы қолданбалы ғылыми зерттеулер» бағдарламасы бойынша келесі жобалар орындалады:Каспий итбалығының популяциясына қауіп төндіретін факторларды кешенді бағалау мен сандық динамикасын зерттеу. Жайық өзенінің беіре балықтарының табиғи және жасанды көбеюін бағалау. Қазақстан су айдындарында балық қорын сақтау үшін қолданыстағы балық қорғайтын құрылғының тиімділігін бағалау және оларды жаңарту мен жаңа балық қорғайтын құрылғыларды енгізу. Су айдынының балық шаруашылық мүмкіндігін арттыру мен балық шаруашылық мелиорацияларды жүргізу үшін ҚР балық шаруашылық су айдындарының қазіргі кездегі гидроэкологиялық жағдайын бағалау. Тұрақты балық аулауды қамтамасыз ету және қорды ұқыпты басқару стратегиясын жасау үшін Қазақстандағы басты кәсіптік балық аулайтын суқоймалардың балық қорының жағдайын бағалау. — «Қазақстан Республикасында тауарлы балық өсірудің тиімді технологияларын ұйымдастыру» келесі 5 жоба бойынша:Бағалы балық түрлерін өсірудің экономикалық нәтижелі технологияларын жасау және оны Қазақстанның балық өсіру кәсіпорындарына енгізу. Белгіленген қоректерге отандық рецептураны өңдеу және енгізу. Негізгі балық өсіру шаруашылықтарында өсірілген бағалы балық түрлеріне ихтиопатологиялық және микробиологиялық баға беру. Берілген аквакультура нысандарын генетикалық бағалау және генетикалық қорды толтыру. Бағалы балық түрлерін өсірудің әлеуметтік және экономикалық нәтижелі технологияларын бағалау. — «Ғылыми зерттеулерді гранттық қаржыландыру», келесі жобалар бойынша:Пробиотикалық әсері бар препараттарды отандық жемдердің құрамына енгізе отырып бақтақ балығын өсіру жағдайын жақсарту және балық өнімділігін арттыру үшін биотехникалық амалдарды жасау және енгізу. Қазақстанның тұзды көлдерінің бағалы биоресурсы Artemia шаянының популяциясының генетикалық дифференциациясы. Жайық-Каспий алабындағы бекіретектес балық түрлерінің биологиялық алуан түрлілігін сақтап қалу және олардың популяциясын қалпына келтіру мақсатында табиғи және қолдан өсірілген балықтардың генетикалық мониторингі. Омыртқасыз гидробионттар Қазақстан суқоймаларының аймақтық экологиялық биоиндикаторы.- «АӨК салаларын нормативті-әдістемелік қамтамасыз ету»;-«Инновациялық тәжірибені тарату және жүзеге асыру жөніндегі іс-шараларды жүргізу»Бюджеттік емес келісім шарттар бойынша үлкен көлемдегі келесідей бағыттағы жұмыстар орындалады:- Белгіленген суқоймаларға балық шаруашылығын басқару жөнде ғылыми қолдау көрсету;- Балық шаруашылығын басқару үшін балық шаруашылықтық суқоймаларды паспортизациялау және перспективті суқоймаларды анықтау (тауарлы балық өсіру, балық аулау, артемия аулау);- Әр түрлі типтегі балық өсіру фермаларын құру үшін биологиялық негіздеме жасау;- Акклиматизация және балықтандыру үшін биологиялық негіздеме жасау;- Шаруашылықтық қызметтердің балық шаруашылығына тигізетін зиянына биологиялық негіздеме жасау, және оның деңгейін төмендетуге рекомендациялар;- Аквакультураның жаңа объектілерін тауарлы өсіру және жасанды өсіру үшін, және басқа да көптеген қолданбалы ҒЗЖ әдістемелер мен техникалық нұсқаулықтар әзірлеу.