БШҒӨО алыс және жақын шетелдердің жетекші ғылыми мекемелерімен су ортасының экологиясы, құнды, сирек кездесетін және жойылып бара жатқан балық түрлерінің биоәртүрлілігін сақтау, ихтиоценоздардың популяциялықгенетикалық зерттеулері, акваөсіру және т.б. мәселелері бойынша халықаралық ынтымақтастықты жүзеге асырады (Ресей, Әзірбайжан, Ұлыбритания, Қытай, Иран, Израиль және т.б.). Халықаралық ұйымдармен және бағдарламалармен жұмыс жүргізілуде:

• Біріккен Ұлттар Ұйымының aзық-түлік және ауыл шаруашылығы ұйымы (FAO)
• Бекіре тұқымдас балықтарды сақтау жөніндегі дүниежүзілік қауымдастық Word Sturgeon Conservation Society (WSCS) және т.б. Қазақстанда БҰҰ-ның даму жөніндегі бағдарламасы (UNDP)
• Дүниежүзілік жабайы табиғат қоры Word Wildlife Fund (WWF), Каспий теңізінің су биоресурстары жөніндегі Комиссияға қатысу
• Халықаралық Аралды құтқару қоры (IFAS)
• Консорциум North Caspian Operating Company (NCOC) БШҒӨО балық және басқа су жануарлары мәселелері жөніндегі ғылыми ұйым болып табылады (CITES, СИТЕС: «құрып кету қаупі төнген жабайы фауна мен флора түрлерімен халықаралық сауда туралы Конвенция»)