БШҒӨО міндеті – Қазақстан республикасының балық ресурстарын сақтау және молайта түсу, оларды пайдаланудың жаңа мүмкіншіліктерін ашу.

Мақсаты – БШҒӨО стратегиясы мен миссиясын іске асыру арқылы балық шаруашылығы және су биоценоздарының экологиясы саласындағы халықаралық деңгейдегі ғылыми-зерттеу институты болуға ұмтылады.

БШҒӨО-ның дейінгі стратегиясы халықаралық стандарттарға сай, ҒЗЖ алынған нәтижелерді балық шаруашылығы практикасына қолдану, тұрақты қаржылық жағдай, ҒЗЖ мемлекеттік және жеке тапсырыстармен де қамтылған ғылыми өнімді алудың жүйесін құру.