Миссия НПЦ РХ — Сохранить и приумножить рыбные ресурсы Республики Казахстан и открыть новые возможности их использования.

Видение НПЦ РХ —  путем реализации миссии и стратегии стремится стать НИИ международного уровня в сфере рыбного хозяйства и экологии водных биоценозов.

Стратегия НПЦ РХ — создание системы получения научной продукции, соответствующей международным стандартам, надежной системы внедрения полученных результатов НИР в практику рыбного хозяйства, стабильное финансовое положение, обеспеченное государственными и частными заказами НИР.