Казахстан среди стран СНГ по количеству внутренних водоемов занимает 2-е место после России, имеется восемь рыбохозяйственных бассейнов, что обусловило и соответствующее разнообразие рыбных запасов. В ихтиофауне республики в первой четверти 20-го века насчитывалось около 100 видов и подвидов рыб. В последующем, начиная с 1930-х годов, она претерпела существенные изменения в основном за счет широкомасштабных акклиматизационных работ. В настоящее время в ихтиофауне насчитывается более 150 видов, многие из которых являются ценными промысловыми, а некоторые — эндемичными для отдельных бассейнов. Такие виды как балхашский окунь, аральский лосось, аральский усач являются носителями уникального генофонда. Уникальной является ихтиофауна Каспийского моря – резерват мирового генофонда и запасов осетровых рыб.

История института началась с организации в 1929 г. в г.Аральске научной рыбохозяйственной станции Всесоюзного научно-исследовательского института рыбного хозяйства и океанографии (ВНИРО). В 1933 г. был открыт филиал этой станции в г. Балхаш, который в 1934 г. стал самостоятельной научно-исследовательской станцией ВНИРО. В 1938 г. эта станция была передана из системы ВНИРО Всесоюзному научно-исследовательскому институту озерного и речного рыбного хозяйства (ВНИОРХ) и преобразована в его отделение.В 1957 г. Аральское и Балхашское отделения из ведения ВНИОРХ были переданы Институту зоологии АН КазССР (Приказ ВНИОРХ № 92 от 29.08.1957г., Распоряжение Совмина КазССР № 749 от 22.10.1957г., Приказ АН КазССР № 474 и 481 от 10.11.1957г., Приказ института зоологии № 149 от 14.11.1957г.), который, кроме того, имел с середины 1950-х годов еще ихтиологический пункт в г. Усть-Каменогорске. В связи с наличием богатых водных и рыбных ресурсов в 1959 г. было принято решение о создании в Казахстане в системе республиканской Академии наук, самостоятельного Института ихтиологии и рыбного хозяйства. Поэтому в 1959 г. Постановлением Совмина КазССР и ЦК КП Казахстана от 20.08.1958г. № 725 и Постановлением Президиума Академии наук от 19.03.1959г. № 417 из структуры Института зоологии (на основе его отдела ихтиологии и гидробиологии) был выделен Институт ихтиологии и рыбного хозяйства АН КазССР с местонахождением в г. Гурьеве (ныне Атырау) и с подчинением ему Алтайского, Аральского, Балхашского отделений и Джезказганского опорного ихтиологического пункта. В 1963г. в соответствии с Постановлением Совмина СССР от 02.07.1962г. № 523 и на основании Постановления Совмина КазССР от 29.04.1963г. № 619 Институт ихтиологии и рыбного хозяйства АН КазССР был передан в подчинение Госкомитета по рыбному хозяйству при Совмине СССР (Акт передачи от 15.12.1962г.) и преобразован в Казахский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства (КазНИИРХ). В том же году приказом Госкомитета по рыбному хозяйству № 150 от 02.04.1963г. Институт был перебазирован из г. Гурьева в г. Балхаш. В дальнейшем в связи с преобразованием Госкомитета по рыбному хозяйству при Совмине СССР в Министерство рыбного хозяйства СССР институт был подчинен этому Министерству. Оставшаяся в г. Гурьеве лаборатория осетроводстваКазНИИРХ затем вошла в состав Урало-Каспийского отделения Центрального НИИ осетрового рыбного хозяйства (ЦНИОРХ), перешедшего в 1988 г. в подчинение КаспНИИРХ (г. Астрахань).

В 1976 г. на основании Приказа Минрыбхоза СССР от 17.02.1976г. № 98 КазНИИРХ был передан в ведение Министерства рыбного хозяйства Казахской ССР. В таком статусе Институт пребывал до перевода его головного подразделения в 1987 г. из г. Балхаш в Алма-Ату в связи с начавшейся перестройкой системы управления и с целью укрепления квалифицированными специалистами. Последовавшие затем многочисленные преобразования и изменения названий и структуры Института и его лабораторий в значительной мере связаны с поиском оптимальных решений в изменяющихся социально-экономических условиях.В 1987г. на базе КазНИИРХ, Капчагайского опытно-показательного рыбоводного хозяйства, Алма-Атинского и Усть-Каменогорского прудовых хозяйств было создано Казахское научно-производственное объединение рыбного хозяйства (КазНПОРХ) Государственно-кооперативного объединения Казрыбхоз при ГосАгроПромеКазССР.В период 1989-1991гг. из состава КазНПОРХ были выведены прудхозы и рыбхоз, а КазНИИРХ с декабря 1991г. стал функционировать как самостоятельное научно-исследовательское учреждение.С января 1992г. (Постановление Кабмина РК от 09.01.1992г. № 15) КазНИИРХ с четырьмя отделениями — Алтайским, Аральским, Балхашским и Северо-Казахстанским и с Павлодарским опорным пунктом передан в состав Казахской Академии сельскохозяйственных наук.В 1992 г. финансирование Урало-Каспийского отделения ЦНИОРХ было прекращено. На его базе создали малое научное предприятие «Жайыктыкоргау», вошедшее в систему Комитета рыбного хозяйства Минсельхоза Республики Казахстан. Позднее его преобразовали в Урало-Каспийский НИИ рыбного хозяйства.В 1994 г. Урало-Каспийский НИИ рыбного хозяйства преобразован в Атырауское отделение КазНИИРХ. В 1995г. расформировано Северо-Казахстанское отделение института.

В 1996 г. КазНИИРХ введен в состав Национального академического центра аграрных исследований (НАЦАИ) Министерства образования и науки Казахстана.В 1999 г. приказом МОН РК КазНИИРХ был преобразован в РГКП «КазНИИРХ», а его отделения переименованы в филиалы.В 2002 г. Постановлением Правительства РК от 29 октября № 1148 РГКП «КазНИИРХ» МОН РК передан в ведение Минсельхоза РК (МСХ РК), а затем реорганизован путем преобразования в Республиканское государственное предприятие (РГП) на праве хозяйственного ведения «Научно-производственный центр рыбного хозяйства» («НПХ РХ») МСХ РК вместе с филиалами.В 2006 г. созданы Северный (г.Кокшетау) и Западно-Казахстанский (г. Уральск) филиалы НПЦ РХ.В 2007 г. РГП «НПЦ РХ» сначала реорганизовали в Акционерное общество «КазАгроИнновация».В 2010 г. при Балхашском филиале ТОО «КазНИИРХ» создан Центр распространения знаний в сфере АПК «Балхаш».В 2013 году Северный филиал передислоцирован из г. Кокшетау в г. Астану с сохранением опорных пунктов в городах Костанай, Петропавловск и представительства в г. Караганде.В 2015 г. КазНИИРХ передан в ведение Некоммерческого Акционерного Общества «Национальный Аграрный Научно-образовательный Центр» (НАО «НАНОЦ»).

В 2018 г. КазНИИРХ решением Совета директоров НАО «НАНОЦ» переименован в ТОО «Научно-производственный центр рыбного хозяйства». Данное постановление вступило в силу с февраля 2019 года.Постановлением Правительства Республики Казахстан от 08.09.2020 года № 558 ТОО «Научно-производственный центр рыбного хозяйства» передан по договору дарения из частный собственности некоммерческого акционерного общества «Национальный аграрный научно-образовательный центр» (НАО «НАНОЦ») в республиканскую собственность в Комитет государственного имущества и приватизации Министерства финансов Республики Казахстан с правом владения и пользования государственными долями участия в уставном капитале товарищества Министерством экологии и природных ресурсов Республики Казахстан.

Постановлением Правительства Республики Казахстан от 31.12.2020 года №955 ТОО «Научно-производственный центр рыбного хозяйства» был передан в Комитет рыбного хозяйства Министерства экологии и природных ресурсов Республики Казахстан с правом владения и пользования государственными долями участия в уставном капитале товарищества.

Согласно Указу Президента Республики Казахстан от 3 января 2024 года №426 «О мерах по дальнейшему совершенствованию системы государственного управления Республики Казахстан» Министерство сельского хозяйства Республики Казахстан определён уполномоченным органом по руководству рыбной отраслью (сферой) государственного управления в отношении республиканского государственного учреждения «Комитет рыбного хозяйства Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан». Комитету рыбного хозяйства Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан переданы права владения и пользования государственной долей участия в товариществе с ограниченной ответственностью «Научно-производственный центр рыбного хозяйства».