Қазақстан ТМД елдерінің арасында ішкі суқоймаларының саны бойынша Ресейден кейін 2-ші орынды иемденеді, 8 балық шаруашылықтық бассейні бар. ХХ ғасырдың бірінші төртжылдығында республика ихтиофаунасында 100 түр мен түршелер есептелінген. Кейіннен, 1930 жылдары ол есеп үлкен масштабты жерсіндіружұмыстарының әсерінен өзгерді. Қазіргі уақытта ихтиофаунада 150-ге жуық түр кездеседі, олардың кейбіреуі өндірістік бағалы түрлерге жатса, кейбіреулері – әр бассейннің эндемик түрлері болып табылады. Балқаш алабұғасы, арал албырты, арал қаязыгенофондтың сирек кездесетін бірегей түрлеріне жатады. Каспий теңізінің ихтиофаунасы бірегей – әлемдік генофондының резерваты және бекіре балықтарының қоры болып табылады.

Институттың тарихы 1929 жылдан Бүкілодақтық балық шаруашылығы және окенография ғылыми-зерттеу институтының Арал қаласындағы ғылыми балықшаруашылықтық станциясынан басталады. 1933 жылы осы станцияның филиалы Балқаш қаласында ашылды, кейіннен 1934 жылы Бүкілодақтық балық щаруашылығы және окенография ғылыми-зерттеу институтының жеке станциясы болды. 1938 жылы Бүкілодақтық балық шаруашылығы және окенография ғылыми-зерттеу институты жүйесінен Бүкілодақтық көл және өзен балық шаруашылығы ғылыми-зерттеу институтының құрамына енгізілді.1957 жылы Арал және Балқаш қалаларындағы Бүкілодақтық көл және өзен балық шаруашылығы ғылыми-зерттеу институтынан ҚазКСР ҒА зоология институтына берілді (Бүкілодақтық көл және өзен балық шаруашылығы ғылыми-зерттеу институты №92 29.08.1957 ж. Министрлер кеңесінің 22.10.1957 ж. №749 тапсырысы, ҚазКСР ҒА 10.11.1957 ж. №474 және 481 бұйрығы, 14.11.1957 ж. №149 Зоология институтының бұйрығы), сонымен қатар 1950 жылдардың ортасында Өскемен қаласында ихтиологиялық бөлімшесі болған.1959 жылы су және балық ресурстарының бай болуына байланысты Қазақстанда республикалық Ғылым академиясының жүйесіне жеке ихтиология институтын және балық шаруашылығы институтын құу туралы шешім қабылданды. 1959 жылы ҚазССР және ОК КП 20.08.1958 ж. №725 және Ғылым академиясының 19.03.1959 ж. №417 бұйрығы бойынша Зоология институтының құрамынан ҚазССР ҒА ихтиология институты және балық шаруашылығы институты бөлініп шықты, орталығы Гурьев қаласында орналасты (қазіргі Атырау), және оған Алтай, Арал, Балқаш бөлімшелері және Жезказған ихтиологиялық опорлы пункті кіреді.1963 жылы 02.07.1962 ж. №523 СССР министрлер кеңесінің қаулысы бойынша, ҚазССР 29.04.1963 ж. №619 бұйрығына сәйкес ССР ҒА ихтиология және балық шаруашылығы институты СССР министрлер кеңесі балық шаруашылығы бойынша мемлекеттік комитеттің құрамына берілді (15.12.1962ж акт берілу), кейін Қазақ балық шаруашылығы ғылыми-зерттеу инситуты құрылды. Осы жылы мемлекеттік комитеттің №150 02.04.1962 ж. Бұйрығы бойынша институт Гурьев қаласынан (қазіргі Атырау) Балқаш қаласына ауыстырылды. СССР министрлер кеңесінің жанынан мемлекеттік комитеттің ашылуына байланысты институт СССР балық шаруашылығы министрлігінің құрамына енгізілді. ҚазБШҒЗИ-ның бекіре өсіру лабораториясы Гурьев қаласында қалғандықтан, ол Орал-Каспий Орталық БШҒЗИ құрамына кіргізілді, кейіннен 1988 ж. КаспБШҒЗИ (Астрахань қ.) құрамына кірді.

1976 жылы СССР Балық шаруашылығы министрлігінің №98 17.02.1967 ж. Бұйрығына байланысты ҚазБШҒЗИ Қазақ ССР-ның балық шаруашылығы министрлігінің құрамына берілді. Осы дәрежеде институт оның бас бөлімшесінің 1987 жылы Балқаш қаласынан Алматы қаласына ауысқанына дейін болды, бұл шара жаңа басқару жүйесі мен біліктілігі жоғары мамандармен қамтамасыз ету үшін болды. Кейіннен болған көпшілік атаулар мен құрылымдарының өзгеруі оңтайлы шешімдерді іздеу мен әлеуметтік-экономикалық жағдайлардың өзгеруіне байланысты болды.1987 жылы ҚазБШҒЗИ негізінде, Қапшағай эксперименттік балық өсіру шаруашылығы, Алма-ата және Өскемен тоған шаруашылықтарынан ҚазССР ГосАроПроме жанынан Қазақ ғылыми-өндірістік балық шаруашылықтық орталығы Қазрыбхоз мемлекеттік-кооперативті бірлестігі құрылды.1989-1991 жылдар аралығында Қазақ ғылыми-өндірістік балық аруашылығы орталығынан тоған шаруашылықтары мен балық шаруашылықтары шығарылып, 1991 жылдың желтоқсанынан ҚазБШҒЗИ жеке ғылыми-зерттеу мекемесі ретінде жұмыс істей бастады.1992 жылдың қаңтарынан (ҚР атқарушы министрлік палатасының №15 09.01.1992 ж) ҚазБШҒЗИ 4 бөлімшесімен – Алтай, Арал, Балқаш және Солтүстік Қазақстан және Павлодар бөлімшелерімен Қазақ ауыл шаруашылығы ғылым академиясының құрамына берілді.

1992 жылы Орталық ғылыми-зерттеу балық шаруашылығы орталығының Жайық-Каспий бөлімшесінің қаржыландырылуы аяқталды. Оның орнына ҚР ауыл шаруашылығы министрлігі балық шаруашылығы комитеті жүйесіне кіретін «Жайықты қорғау» кіші ғылыми мекемесі құрылды. Кейіннен оны Жайық-Каспий балық шаруашылығы ғылыми-зерттеу институты деп өзгертті.1994 жылы Жайық-Каспий балық шаруашылығы ғылыми-зерттеу институты ҚазБШҒЗИ Атырау бөлімшесіне ауыстырылды.1995 жылы институттың Солтүстік Қазақстан бөлімшесі құрылды.1996 жылы ҚР білім және ғылым министрлігінің Ұлттық аграрлық зерттеу академиялық орталығының құрамына енгізілді.1999 жылы ҚР білім және ғылым министрлігінің бұйрығымен ҚазБШҒЗИ РМКК «ҚазБШҒЗИ» болып, ал оның бөлімшелері филиал болып өзгертілді.

2002 жылы ҚР үкіметінің №1148 РМКК «ҚазБШҒЗИ» 29 қазанынан ҚР білім және ғылым министрлігінен ҚР ауыл шаруашылығы министрлігіне ауыстырылды, кейін Республикалық мемлекеттік кәсіпорын (РМК), «Ғылыми-өндірістік балық шаруашылығы орталығы» (БШ ҒӨО) филиалдарымен енгізілді.2006 жылы «БШ ҒӨО» РМК «ҚазАгроИнновация» акционерлік қоғамында қайта ұйымдастырылды.2010 жылы «ҚазБШҒЗИ» ЖШС Балқаш филиалында АӨК саласындағы «Балқаш» білім тарату орталығы құрылды.

2013 жылы Солтүстік филиалы Көкшетау қаласынан Астана қаласына Қостанай, Петропавловск және Қарағанды бөлімшелерін сақтай отырып көшірілді.2015 жылы «ҚазБШҒЗИ» ЖШС Коммерциялық емес акционерлік қоғам «Ұлттық аграрлық ғылыми-білім беру орталығынын» құрамына берілді.

2018 жылы «Ұлттық аграрлық ғылыми-білім беру орталығы» (ҰАҒБО) КеАҚ директорлар кеңесінің шешімімен «Балық шаруашылығы ғылыми-өндірістік орталығы» (БШҒӨО) ЖШС болып өзгертілді. Бұл қаулы 2019 жылдың ақпан айында күшіне енді.Қазақстан Республикасы Үкіметінің 08.09.2020 жылғы № 558 қаулысымен «Балық шаруашылығы ғылыми-өндірістік орталығы» ЖШС қайырымдылық шарты бойынша «Ұлттық аграрлық ғылыми-білім беру орталығынан» (ҰАҒБО КеАҚ-нан) Қазақстан Республикасы экология және табиғи ресурстар министрлігіне серіктестігінің жарғылық капиталындағы мемлекеттік үлестерді иелену және пайдалану құқығымен, Қазақстан Республикасы Қаржы Министрлігінің мемлекеттік мүлік және жекешелендіру Комитетіне жеке меншігінен республикалық меншігіне берілді. Қазақстан Республикасы Үкіметінің 2020 жылғы 31 желтоқсандағы № 955 қаулысымен «Балық шаруашылығы ғылыми-өндірістік орталығы» ЖШС серіктестіктің жарғылық капиталындағы мемлекеттік үлесті иелену және пайдалану құқығымен Қазақстан Республикасы экология және табиғи ресурстар министрлігінің Балық шаруашылығы комитетіне берілді.

«Қазақстан Республикасының мемлекеттік басқару жүйесін одан әрі жетілдіру жөніндегі шаралар туралы» Қазақстан Республикасы Президентінің 2024 жылғы 3 қаңтардағы № 426 Жарлығына сәйкес Қазақстан Республикасының Ауыл шаруашылығы министрлігі «Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігінің Балық шаруашылығы комитеті»республикалық мемлекеттік мекемесіне қатысты мемлекеттік басқарудың балық саласына (аясына) басшылық ету жөніндегі уәкілетті орган болып айқындалды. Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігінің Балық шаруашылығы комитетіне «Балық шаруашылығы ғылыми-өндірістік орталығы» жауапкершілігі шектеулі серіктестігіндегі мемлекеттік қатысу үлесін иелену және пайдалану құқығы берілді.