ТОО «НПЦ РХ» осуществляет международное сотрудничество с ведущими научными учреждениями дальнего и ближнего зарубежья по вопросам экологии водной среды, сохранения биоразнообразия ценных, редких и исчезающих видов рыб , популяционно-генетическим исследованиям  ихтиоценозов, аквакультуре и т.п. (Россия, Азербайджан, Великобритания, Китай, Иран, Израиль и др.) ведется работа с международными организациями и программами:

Конвенция о Международной Торговле Редкими Видами Диких Животных и Растений (СИТЕС),

Продовольственная и сельскохозяйственная организация Объединенных наций (ФАО),

Программа развития Организации Объединенных наций в РК (ПРООН),

Международный фонд спасения Арала(МФСА),

Консорциум «NorthCaspianOperatingCompany» (NCOC),

Мировое сообщество по сохранению осетровых видов рыб «WordSturgeonConservationSocicty» (WSCS),

Всемирный фонд дикой природы (WWF «WordWildFoud»), участие в Комиссии по водным биоресурсам Каспийского моря.