– Су айдындарын балық шаруашылық мақсатында пайдалану үшін бонитировка жасау;

– Кәсіптік маңызы бар балық және қоректік организмдерді жерсіндіру және балықтандыру жөнінде ұсыныстар дайындау;

– Ауланатын балықтың жалпы мөлшеріне (ОДУ) биологиялық негіздеме жасау;

– Табиғат пайдаланушылардың кәсіптік учаскелеріндегі балық шаруашылығы құрылымдарына ұсыныстар әзірлеу;

– Экологиялық жобалау және нормалау жөніндегі жұмыстар;

– Су айдындарында шаруашылық іс-әрекеттер жасау барысында балық ресурсына келтірілген зиянды әсерді бағалау;

– ҚР балық шаруашылығы су айдындарында экологиялық бақылау жұмыстарын жүргізу;

– Су айдындарындағы балықтардың қоректік базасын анықтау, оның пайдалану дәрежесі мен жалпы балықтың тойымдылығын анықтау;

– Артемия цистасының және өзге де бағалы су омыртқасыздарының қорын болжауға және оларды өндіру үшін берілетін лимитке биологиялық негіздемелер жасау;

– Биологиялық негіздемелерге, ғылыми еңбектер мен жобаларға рецензия беру;

– Балық шаруашылығының, оның ішінде гидробиология, ихтиология, аквакультура саласындағы барлық сұрақтарға әдістемелік-консультациялық көмек;

– Су айдындарындағы судың сапасын организмдердегі ластану индикаторына байланысты анықтау;

– Әр алуан су айдындарын (тоған, жылы су және т.б) кешенді зерттеу және олардың әртүрлі шаруашылықтарға, оның ішінде балық шаруашылығына, гидрохимиялық және токсикологиялық көрсеткіштеріне сәйкес, жарайтындығына қорытынды анықтама беру;

– Судың гидрохимиялық көрсеткіштерін анықтау; рН, еріген газдар, биогенді және органикалық заттар, минералды тұздардың әсерінен су айдындарындағы балықтардың қаншалықты тұншығу қаупі бар екенін анықтау;

– Балық өсіретін шаруашылықтардың ветеринарлық-санитарлық жағдайын бағалау және ұсыныстар әзірлеу;

– Балық шаруашылығы кәсіпорындарына экологиялық паспорттар дайындау;

– Балық шаруашылығы су айдындарының эпизоотикалық жағдайын зерттеу және бағалау;

– Балық өсіретін шаруашылықтардағы балықтардың иммунологиялық жағдайын сараптау және олардың иммуно-физиологиялық статусын көтеру үшін жүргізілетін шаралар;

– Арнайы қорғауды қажет ететін табиғи аймақтарды ұйымдастыру үшін ғылыми-жаратылыстану мен технико-экономикалық негіздемелерді жасау;

– Балық өсіретін кәспорындарға әртүрлі (тауарлы-көл, тор-қоршау, индустриялдық кәсіпорындар, ТСҚ) жобалық құжаттар жасау;

– Балық өсіретін және фермерлік шаруашылықтарға бизнес-жоспар құруға көмектесу;

– Тауарлы балық өсіру (албырт, бекіре тұқы, алабұға тұқымдастар) биотехникасы бойынша консультациялық қызмет көрсету;

– Республикалық балық өсіретін кәсіпорындарда селекциялық-асылдандыру жұмыстарын жүргізу;

– Балық шаруашылығымен айналысамын деген кәсіпкерлерге ақыл-кеңес беру;

– Фермерлік балық шаруашылықтарын құру жөнінде жобалық жұмыстар жасау;